In 2004 is het Reconstructieplan vastgesteld. Natuur en Milieu Overijssel heeft namens de natuurorganisaties deelgenomen aan het overleg voor dit plan. Het Reconstructieplan gaat over verplaatsing van landbouw en bescherming van natuur. Doel is dat landbouwbedrijven verder weg komen te liggen van kwetsbare natuurgebieden en zich vestigen in speciale landbouwontwikkelingsgebieden (LOG). Hier mogen intensieve veehouderijbedrijven zich concentreren. De belangstelling voor verplaatsing van bedrijven naar LOG's is echter minder dan voorzien. Recentelijk ontstond onrust bij burgers over de LOG's, omdat men bang was voor de negatieve effecten van megabedrijven. Bijvoorbeeld als gevolg van verkeersoverlast, overdracht van ziekten, stank en fijn stof. Hier was niet goed rekening mee gehouden. Natuur en Milieu Overijssel zal zich daarom in de toekomst in provinciale overleggen meer gaan richten op de belangen van de bewoners, naast die van natuurbescherming en landbouwontwikkeling.